¿Por qué aparece el mensaje “la entidad firmante es desconocida …” en Acrobat Reader?

Esto se debe a que no tienes instalada en Acrobat Reader, la CA Raíz del certificado con el que has firmado. Para solucionar esto, lo mejor es configurar Acrobat Reader, de modo que te acepte las CA de confianza de Windows.

Para ello, escoge en Acrobat Reader la opción "Edición" del menú y la subopción "Preferencias".

En el siguiente diálogo, selecciona la entrada "Seguridad" -> "Preferencias Avanzadas" y marca la casilla "Activar la búsqueda de certificados distintos a los suyos en el almacen de certificados de Windows.